Junkers Come Here suit l'histoire d'Hiromi Nozawa et de son chien Junkers. Alors qu'Hiromi plonge dans la solitude et la tristesse face au divorce de ses parents, Junkers essaye de la réconforter. En effet, Junkers n'est pas un chien comme les autres : doué de la parole, il lui accorde trois souhaits.

En 1999, un enorme meteorito se estrelló contra la Tierra y causó una calamidad global que agotó las aguas del planeta. Además, el meteorito transportaba criaturas extraterrestres conocidas como los Gusanos que procedieron a matar humanos y asumir sus identidades. Para contrarrestar esta nueva amenaza, se formó ZECT, que a su vez creó el Sistema de Kamen Rider para combatir a los gusanos. Las batallas duran más de siete años, agotando los recursos de la Tierra y convirtiéndolo en un páramo árido. En la actualidad, las luchas de poder en ZECT han provocado que Hidenori Oda establezca un grupo disidente llamado Neo-ZECT con Daisuke Kazama y Shura Hokuto para luchar contra la autoridad de ZECT. Un misterioso joven llamado Souji Tendou llega a la ciudad y decide vender su poder a Neo-ZECT o ZECT para su propia agenda personal.