Yui es una adolescente que padece de XP (alergia al sol), por lo que su vida se reduce a no salir mucho de casa, dormir durante el día, cantar por las noches y observar desde su ventana a un joven llamado Koji, hasta que una noche se cruza con él en persona.

Cada 5.000 años se abre una puerta entre las dimensiones. En una dimensión existe el Universo y la vida. En la otra dimensión existe un elemento que no está hecho ni de tierra, ni de fuego, ni de aire, ni de agua, sino que es una anti-energía, la anti-vida: es el quinto elemento.