Las Naciones Unidas reúnen la última arma para derrotar a Godzilla, mientras que los científicos descubren un huevo de pteranodon fresco en una remota isla japonesa.

El organismo de lucha contra Godzilla encarga la construcción de Mogera, un monstruo gigante que tiene como objetivo contrarrestar los ataques de Godzilla. Sin embargo la llegada a la Tierra de un poderoso Godzilla Espacial se convierte en una amenaza superior al Godzilla original. Cuando el Godzilla espacial secuestra al Hijo de Godzilla, Mogera y Godzilla original se alían para vencer al villano.

Unas personas de un futuro distante llegan al Japón contemporáneo en una máquina del tiempo para advertir de la destrucción que Godzilla está a punto de desatar. Para prevenir la hecatombe, toman a un psíquico, un escritor y un científico y viajan al momento anterior en que se lanzó la bomba H, en 1944, y ven el Godzillasaurio (lo que era Godzilla antes de la mutación). Luego también aparecen King Ghidorah y Mecha King Ghidora, otros monstruos colosales, que agregan una pizca de pimienta al festín de monstruos en cuestión.