La historia es un pequeño preludio a la serie, que transcurre antes de que Miki conozca a Yuu. En él se explica por qué Yuu besa a Miki en el primer capítulo de la serie. La película se centra en el personaje de Yuu y en cómo persigue durante todo el día a Miki sin que ella ni Meiko; que está con ella, se den cuenta. Yuu se interesa por Miki, una niña que se muestra alegre y natural, impulsiva y dulce.

¡Una historia completamente nueva, que describe el comienzo de Detective Conan! Toda la verdad sobre el día en que fue envenenado por aquellos misteriosos Hombres de Negro y como se encogió... ¡Ahora será revelada! ¡Un especial que contará todo lo que no ha sido dicho antes!

Shinichi Kudo est un jeune lycéen de renom au Japon. Grâce à sa perspicacité et son intelligence, il est souvent amené à résoudre des affaires criminelles pour la police. Un jour, dans un parc d’attraction, il est témoin d’une étrange affaire qu'il voudra élucider : malgré son expérience et sa vigilance habituelle, Shinichi est enlevé par les membres d’une mystérieuse organisation, "les hommes en noir". Ces derniers lui font alors avaler une étrange pilule. Shinichi s'évanoui pour se réveiller dans le corps d'un enfant de 7 ans...

Los hombres de negro confunden a Sonoko con Haibara, debido a esto intentarán atentar contra su vida. Por otro lado en el rascacielos donde casualmente están Conan, Ran, Ai, los niños, etc. ponen una bomba y se quedarán atrapados en él. (FILMAFFINITY)

Kaitou Kid envía una advertencia a Miss Judie diciendo que quiere robarle su preciado anillo. Judie le pide ayuda a Kogoro Mouri y cuando él, Ran, Sonoko, Conan, Ai, Agasa y los Jóvenes Detectives van a visitarla al teatro coinciden con el inspector Nakamori, quien no no viene solo: ¡Shinichi le acompaña! Conan sabe que Shinichi es Kaitou Kid disfrazado, pero nada puede hacer al respecto. Después, todos abordan un avión y vuelan a Sapporo. Judie los invita para agradecerles por proteger el anillo. Judie visita a los pilotos, y cuando vuelve cae muerta. Ha sido envenenada. De repente, los pilotos también han sido envenenados, así que tienen que aterrizar el avión ellos mismos. Y Kid parece estar también entre los pasajeros ¿Podrá Conan atrapar a Kid y salvarlos de estrellarse?

Conan viaja a Singapur, concretamente a la famosa Marina Bay Sands, escenario en el que se ha producido un cruento asesinato. La investigación parece girar en torno a una gema legendaria conocida como 'Zafiro Azul', que lleva sumergido en el océano desde finales del siglo XIX. Makoto Kyôgoku ayudará al joven detective a detener a Kaitō Kid, quien quiere robar la tan preciada joya.

La historia gira en torno a la boda de los Detectives Sato y Takagi, la cual se ve interrumpida por un asalto del que acaba llevándose lo peor este último. Mientras tanto, se produce una fuga de cárcel en la que está involucrando el perpetrador de un atentado, y Rei Furuya se cruza con una misteriosa persona disfrazada que acaba poniéndole un collar explosivo. A medida que Conan y los suyos empiezan a investigar todos los hechos, se convierten en el objetivo de un grupo muy peculiar.

Aparentemente destruidos durante la Segunda Guerra Mundial, uno de los Girasoles de Van Gogh resurge en una subasta en Nueva York. El grupo financiero Suzuki gana la puja y aprovecha la oportunidad para anunciar una exposición sobre los Girasoles completa, cuando el ladrón Kaito Kid declara el último objetivo de su atraco: Los Girasoles.