En 2035, le Japon a connu un accident très grave nommé le "Burst". A cause des nombreuses recherches scientifiques du Japon, ils ont réussi à créer une forme de vie artificielle nommée "Matter". Cependant, cette forme de vie a envahi toute la région de Kurobe. Les scientifiques ayant survécu à ce désastre artificiel, se sont réunis dans une ville sous ordre du gouvernement pour trouver une solution. Deux années plus tard, Tachibana Aiko, une jeune lycéenne qui a perdu sa famille à cause de la catastrophe apprend quelque chose d'incroyable de la part de Kanzaki Yuya, un nouvel élève transféré le jour même. Un secret concernant la "Matter" est caché au plus profond de son corps. Ce secret peut soit sauver les humains ou les anéantir complètement...

Ryota Sakamoto est un jeune homme adepte du jeu Btooom! et classé 10e meilleur joueur au monde. Mais du jour au lendemain, sans savoir pourquoi, il est enlevé par des hommes en noir et se retrouve perdu sur une île déserte. Pour survivre, il va devoir suivre les mêmes règles que dans son jeu vidéo favori : repérer les autres personnes perdues sur l’île comme lui et les tuer à l’aide des mêmes types de bombes que dans le jeu. Il se retrouve désormais plongé dans un Battle Royal avec les risques que ça comporte.

Depuis la mort de sa mère Kurosaki Ichigo vit avec son père et ses deux jeunes soeurs. Il est un étudiant comme les autres ou presque, puisqu'il peut voir les âmes des êtres disparus. C'est ainsi qu'en voulant sauver l'une de ces âmes d'un énorme monstre, il fait la connaissance de Kushiki Rukia, un Shinigami (Dieu de la mort). A cet instant il n'imaginait pas encore a quel point cette rencontre allait bouleverser son existence.