Tras los terribles eventos ocurridos en el 2015, Amigo se ha convertido finalmente en líder mundial. Su poder supremo es inapelable, y la vida de todos los seres humanos pasa por la obediencia ciega al gran líder. No obstante, las fuerzas de la resistencia, encabezadas por Yoshitsune, Yukiji y Otcho, continúan luchando para lograr desenmascararle. Y más aún cuando se anuncia un nuevo cataclismo, el Juicio Final definitivo, que arrasará con toda vida humana en la Tierra en el 2017. Sus esfuerzos y los de Kanna tendrán que redoblarse en una mortal cuenta atrás para salvar el planeta, y detener definitivamente a Amigo. Sólo un milagro podrá salvarles, y resolver el gran misterio final que les ha mantenido al borde del abismo desde hace 20 años: ¿quién se esconde tras la máscara de Amigo?. Tercera y última parte de la trilogía que adapta el manga de culto 20th Century Boys.

El día de su boda, Mina (Yumiko Shaku) es asesinada. Su alma viaja a la Puerta del Rencor, donde Izuko, su guardiana, le da a elegir tres destinos: aceptar la muerte, ir al paraíso y esperar a la reencarnación; seguir siendo un alma y vagar eternamente por el mundo de los vivos; o maldecir a una persona y matarla. A la dificultad de semejante decisión, se suma el sufrimiento de su novio Kôhei, con quien Mina no puede comunicarse en tanto que alma, un encuentro con el responsable de su muerte, Tatsuya Kudo, ingeniero genético de fama internacional, y la amenaza de más muertes. La frontera entre el bien y el mal se desdibuja ante la imperiosa pregunta.

Godzilla combate contra un misterioso platillo volante, que luego se transformará en un enorme monstruo llamado Orga. La batalla final transcurrirá en Shinjuku, un suburbio de Tokio, donde nuestro héroe aprovecha de estrenar su nuevo rayo atómico.