Han pasado 13 años desde los acontecimientos de la serie original de Mobile Suit Gundam. Pero la base de la paz está de nuevo amenazada por un ejército Neo Zeon liderado por el infame Char Aznable. Su objetivo final es iniciar un invierno nuclear en la Tierra, abriendo así una nueva era de la humanidad en el espacio. Equipado con el Estado presente Nu Gundam Mobile Suit, Amuro Ray y el ejército de la Federación son la única resistencia contra los Neo Zeon. A caballo entre la venganza, el deber y el amor, la batalla final entre los rivales Char Aznable y Amuro Ray está a punto de comenzar.

Sucesos terribles están ocurriendo alrededor de la bahía de Tokio. Los detectives Kusumi y Hata están trabajando en el caso. Su investigación les revelará que los militares japoneses y americanos tienen un papel muy importante en este asunto. Por otra parte, Kusumi comienza a sospechar de la nueva novia de Hata, Saeko, una importante bióloga que puede estar implicada en el extraño caso. Sin embargo, ni uno ni otro están preparados para encontrarse con un monstruo hambriento que parece ser una poderosa arma biológica llamada WXIII: Wasted Thirteen. Es entonces cuando el gobierno decide poner en acción a los robots Patlabors de la Unidad Especial 2.