À Hakureiryu, une prestigieuse académie d'hôtellerie, rien de bien amusant ne se passe. Les jours se ressemblent tous et cela ennuie fortement Tomomi Saikyo et Selnia Flameheart. Ces deux rivales, au sommet de la popularité de l'école, passent le plus clair de leur temps à se mépriser ouvertement, mais en dehors de ça, c'est le calme plat. Enfin, ça, c'est la scène avant que n'arrive le nouvel étudiant transféré, Akiharu Hino, forcé de faire ses études ici car il bénéficie ainsi de l'exemption de ses frais de scolarité. Il est alors obligé de suivre la formation des majordomes de l'Académie et de devenir un parfait domestique. Et là, les ennuis vont vraiment commencer pour lui. Entre le mélange d'amour et de mépris que Selnia lui porte, les coups en douce de Tomomi, des camarades majordomes un peu trop spéciaux, une fille maladroite au possible, une senpai dépressive, un pote de chambre travesti, une princesse vierge éperdument amoureuse et une principale folle de jeux érotiques gays, le pauvre Akiharu devra apprendre à survivre dans un environnement inconnu et chambouler un tantinet la vie morne et rébarbative d'une Académie un peu trop paisible... 

Le lien manquant de l’annulateur. Une errance infinie à travers d'innombrables lignes d’univers. Au cours de ce rude voyage, Okade a finalement abandonné l’idée de sauver Kurisu de son destin funeste. Ainsi, il revient sur les bancs de l’université et s’enlise dans un quotidien banal. Cependant, Okabe qui se rend régulièrement dans une clinique psychiatrique sans pouvoir panser la blessure qui déchire son cœur, rejette peu à peu son alter égo de savant fou autoproclamé.

Kimimaro est un étudiant boursier, cumulant deux jobs, dont le seul rêve est de vivre une vie stable.  Un soir, en rentrant du travail, un étrange personnage apparaît et lui propose de gagner de grosses sommes d'argent à l'unique condition qu'il rembourse. Ainsi, Kimimaro, quelques peu réticents, va se retrouver entraîné dans un monde étrange, connu sous le nom de quartier des finances et va devoir se battre aux côté de Mashu, son Asset (êtres magiques aidant les entrepreneurs lors de leur affrontements appelés Deal), afin de ne pas faire banqueroute.

Dans un futur alternatif où les clans dirigent le Japon, il existe une académie très spéciale qui forme des jeunes filles aux techniques de combat samouraï. À son arrivée à l’académie, Muneakira Yagyû, un maître du sabre venu y enseigner son art, découvre qu’il s’agit en réalité d’une école pour filles. Aussi sexy que redoutables, les élèves combattantes sont toutes les réincarnations des plus célèbres samouraïs du passé ! Alors que l’arrivée d’un homme sème la panique dans l’établissement et divise les membres du conseil, Jûbei, une mystérieuse fille, tombe du ciel totalement nue et embrasse Muneakira. Ce baiser va éveiller le pouvoir caché de Jûbei qui se révèle être la réincarnation d'un Master Samurai. En embrassant son destin, cette dernière pourrait bien changer celui du Japon à tout jamais…

La saga gira alrededor de la Academia Hanzō, una institución de educación secundaria en la que se entrena secretamente a un selecto grupo de chicas en el arte del ninjitsu. Las tramas principales se centran en cinco aprendices de ninja: Asuka, Ikaruga, Katsuragi, Yagyuu y Hibari, y cómo completan misiones y luchan contra ninjas rivales.

Al encontrar un poco de equipo para acampar en el salón del club, el Club de entretenimiento decide ir a acampar durante las vacaciones de verano, con el consejo estudiantil como invitados. Después de pasar el día haciendo curry, las chicas forman parejas para ir a una prueba de valor antes de llegar a una casa de baños.

La película tiene lugar un año después de los acontecimientos de la serie de anime. Después de pasar por un camino arduo a través de múltiples líneas de tiempo debido a la invención de los "D-Mails", es decir, los mensajes de texto que se pueden enviar al pasado, Rintaro Okabe ha aterrizado, según las informaciones de la "Steins Gate", en una línea de tiempo en la que ninguno de sus amigos tendrían que morir y en la que no existe un futuro gobernado por SERN debido a que no se produjo la invención de una máquina del tiempo. Sin embargo, Okabe pronto comienza a sentir los efectos secundarios de los constantes viajes a través del tiempo por múltiples líneas de tiempo, que pronto se acumula y ocasiona que Okabe desaparezca de repente de la existencia, con sólo Kurisu Makise, la chica que él había salvado gracias a sus esfuerzos, recordándolo a través de un déjà vu. Ahora es el turno de Kurisu para encontrar una manera de conseguir que Okabe regrese a la línea de tiempo.

Rintarou est maintenant sur la ligne Steins;Gate. Lui et le reste des membres de son laboratoire se rendent aux États-Unis car Feyris participe à un tournoi Rai-Net. C'est l'occasion pour eux tous de retrouver Kurisu. Néanmoins, cette dernière voudra absolument avoir des explications de la part de Rintarou concernant des souvenirs de choses qu'elle n'a jamais faites et les sentiments particuliers qu'ils ont développés et dont seul le mad scientist en connaît la raison...