Una raza alienígena, los Zentraedi, atraviesan la galaxia con destino a la Tierra. Con un ejército de naves que se cuenta por millones y una tecnología mucho más avanzada que la de los humanos, los Zentraedi no necesitarán demasiado tiempo para acabar con la raza humana y recuperar una de sus naves, que se estrelló en el planeta tiempo atrás. Los humanos no tienen mucho donde escoger para escaparse de su aniquilación, así que deciden salvar a los habitantes de la isla donde cayó "Macross", la nave alienígena, usándola para abandonar el planeta, dirigiéndose más allá de los límites del Sistema Solar. Siendo los Zentraedi los nuevos amos del planeta, sólo el tiempo dirá si alguna vez podrán volver a la Tierra y vencerles.

Koenma es secuestrado por un par de demonios conocidos como Koashura y Garuga, que exigen la posesión de un objeto de Enma - padre de Koenma - llamado Golden Seal (Sello dorado). Botan encuentra a Yusuke y Kazuma Kuwabara en sus vacaciones, y les pide su ayuda para rescatar a Koenma.

En un reino asolado por la sequía, el bandido llamado Pink roba periódicamente a la Compañía de plata monopolística de sus reservas de agua para proporcionar agua a las masas sedientas.

Yakumo, el rey del infierno, ordena el diluvio en el mundo espiritual y planea apoderarse del mundo humano. Para ello necesita el poder de una gema diabólica que se mantiene oculta por disposición de Botan. Si se apodera de ella, la energía latente en su interior será suficiente para hacer desaparecer definitivamente el mundo espiritual.