Cuando un cetro mágico transporta por accidente a April al Japón del siglo XVII, los chicos se lanzan en su busca y aparecen, a través de la alcantarilla, ¡en la tierra de los samuráis! Ahora deben enfrentarse a Nortaga, el malvado Señor de la guerra, y recuperar el cetro que los transportará de vuelta a lo más profundo del metro de Nueva York.

La carrera de la estrella de rock, TJ Cray, se dispara y consigue una audición con un hombre de A & R. En el camino a la ciudad, un coche lleno de borrachos se le viene encima y aplasta su coche, cortando le ambas manos. Él se retira de la empresa y se convierte en un borracho sin hogar.

Lucy Pierce creció creyendo que tenía una infancia normal. Hasta que, un día, descubre artículos antiguos sobre la desaparición de "Baby Victoria", un caso de secuestro de alto perfil. Ella se sorprende al ver que su foto de bebé está en el centro. Decidida a encontrar respuestas, Lucy rastrea a su madre biológica, Elizabeth Marshall, una fiscal que se postuló para gobernador de Pensilvania. Si bien el encuentro de Lucy con Elizabeth es sincero, no se puede decir lo mismo de su relación con su nueva hermana, Terri. La reunión familiar pierde el control cuando Lucy se encuentra en medio de una investigación policial. Cuando Lucy pregunta quién realmente está tratando de difamarla, ¿está ocurriendo algo más siniestro para desgarrar a esta familia, una vez más?

El malvado Shredder tiene un único y perverso plan: acabar con los cuatro superhéroes Tortugas Ninja Mutantes, Raphael, Leonardo, Michelangelo y Donatello. Para ello, secuestra al profesor Jordan Perry, creador del "moco verde" que hace posible la mutación de las Tortugas. Poco después, Shredder aplica la preciada sustancia a dos criaturas que acaba de reclutar, convirtiéndolos en terribles e imponentes guerreros ninja que lucharán e intentarán terminar con los superhéroes. Sin embargo, éstos logran hacen frente al peligroso criminal, con la ayuda de su maestro Splinter, la elegante periodista April y el repartidor de pizzas Keno.