L’histoire se déroule dans un univers alternatif à Fate/Stay Night. Nous suivons Illya qui deviendra une Magical Girl Prisma après être tombé sur un bâton magique : le Kaleido Stick Ruby. Elle devra récupérer les mystérieuses cartes des Servants dispersées dans toute la ville de Fuyuki.

Un espacio flotante sin gravedad donde un número infinito de luces brillan en diferentes colores: la "Caja de la Sabiduría". Dentro de este cuadro, hay múltiples mundos, múltiples líneas de tiempo, y solía haber muchas personas diferentes. Aquí es donde Dual y Dorothy estaban luchando con enemigos llamados "Virus". Los mundos infectados por virus deben ser borrados. Ese es el deber, el trabajo de estas chicas. Sin embargo, un día, Dual y Dorothy sienten la presencia de un nuevo Virus. Al llegar a la escena, ven a una niña siendo atacada por virus. Después de salvar a la niña, el dúo espera a que ella despierte para poder preguntar quién es, de dónde viene y a dónde va. Finalmente, cuando la niña abrió los ojos, dio su nombre, Rimo, y susurró solo una frase ... "Debo volver al parche de flores ..."