Esta película generada íntegramente por ordenador, es la continuación del videojuego de Square Enix; Final Fantasy VII y forma parte de una estrategía de la propia compañía para completar la historia de la saga. El argumento nos sitúa dos años después de Final Fantasy VII. Cloud Strife, el protagonista, vive solo en la iglesia de Aeris y está afectado por una extraña enfermedad, el GeoStigma, un virus que lo está matando poco a poco dejándole sin energía...

Una extraña sombra bloquea el sol en una aldea tras un eclipse solar. Ginko solicita la ayuda de los aldeanos para resolver el misterio de la sombra antes de que destruya sus cosechas.