Pokémon Ranger y el Templo del Mar es una fantástica aventura en la que se verán envueltos Ash y Pikachu cuando conozcan a Lizabeth y a Jackie: un Pokemon Ranger cuya misión es proteger el huevo de Manaphy para evitar que caiga en las manos de un malvado pirata empeñado en hacerse con él y apoderarse de los secretos que alberga el Templo del Mar. Su objetivo: dominar el mundo. ¿Lograrán nuestros amigos desbaratar sus planes y llevar a término la misión secreta de Jackie?

Ash y compañía llegan al pueblo de Rohta, donde la leyenda del héroe guiado por las ondas ha sido transmitida de generación en generación. Un festival se está celebrando en el castillo Oldoran en honor al Héroe Aaron, quien hace siglos detuvo una terrible guerra entre los "Rojos" y los "Verdes" (dos ejércitos Pokemon) usando el poder del árbol del Genesis. Entre los festejos, hay una especie de torneo Pokemon para decidir quien será el Héroe Guiado por las ondas del año, y Ash lo gana. Sin embargo, la alegría es interrumpida cuando Mew aparece de la nada y rapta a Pikachu.

En la infinita y eterna grieta del espacio y tiempo, dos entidades que jamás debieron encontrarse, chocan en un combate de grandes proporciones. Una de ella es la deidad del tiempo Dialga quien logra herir a su contraparte Palkia, la deidad del espacio. Mientras tanto, en otro lugar un hombre lee el diario de un famoso arquitecto llamado Godey. En este, se predice lo que podría ser la destrucción del mundo debido a fuerzas poderosas que colisionan unas con otras...