L'histoire se déroule quelques années après la fin de la série télévisée. Kenshin a cessé d'être un samouraï, il a même donné son célèbre sabre à lame renversée au jeune Yahiko. Toutefois, il continue de voyager et d'essayer de se rendre utile auprès de la population. Kaoru est devenue l'épouse de Kenshin. Elle est atteinte de la même maladie que ce dernier. Sur son lit de malade, attendant le retour de Kenshin de voyage en Chine, Kaoru se souvient des moments passés...

Shadowlaw, sindicato del crimen organizado que trafica con drogas y armas por todo el mundo, se está consolidando como una amenaza mundial para todos los gobiernos democráticos de la tierra, alcanzando unos niveles de terrorismo internacional cada vez más preocupantes para la estabilidad mundial. Una investigación de la Interpol, liderada por Chun-Li y Guile, tiende como objetivo desvelar la base paramilitar desde donde se organizan los atentados terroristas de Shadowlaw, para posteriormente eliminarla bajo un ataque sorpresa. Para llevar a cabo la misión cuenta con Ryu, uno de los mejores luchadores de artes marciales del mundo. Por desgracia, su mejor amigo, Ken, ha sido capturado por Shadowlaw y convertido en un poderoso y fiel servidor... Adaptación libre del videojuego "Street Fighter II".

Durante un viaje a Yokohama, Kenshin entabla amistad con un guerrero llamado Shigure, casualmente en la guerra civil que precedió el nacimiento de la era Meji ambos se encontraban luchando en diferentes bandos. Ambos parecen compartir el mismo desprecio por la violencia que el conflicto armado generó, pero las verdaderas intenciones de Shigure son distintas a las suyas. Con el objetivo de impedir un nuevo derramamiento de sangre, Kenshin pone rumbo hacia Tokio. Allí descubrirá que los fantasmas de su pasado aún le persiguen.

Japón, 1929. Chiyo, una niña de nueve años, es vendida por sus padres para trabajar en la casa de Geishas de Nitta Okiya. Su hermana mayor Satsu no es aceptada y es enviada a un prostíbulo. En la casa Chiyo conoce a Pumpkin, otra niña que va a ser instruida para ser geisha, así como a las famosas geishas Hatsumomo y su rival Mameha. Los comienzos de Chiyo son duros, pero un encuentro con el que será el amor de su vida, el Presidente, hará que desde ese momento sólo desee convertirse en una famosa geisha para estar más cerca de él.

Cuando un Yokai apunta a una casa para agregar a su exhibición de una ciudad encogida, los Kakurangers intentan protegerla y a los dos niños que viven allí.