La voleuse Daisy "Jett" Kowalski sort de prison mais se retrouve forcée à exercer son métier pour de criminels excentriques et dangereux.

Hedwig se sometió a una operación de cambio de sexo que le permitió casarse con un soldado americano y alcanzar la libertad al otro lado del Muro de Berlín. Sin embargo, la operación salió mal y Hedwig se quedó con esa “pulgada irritada” (“angry inch”) que da nombre a la película. En un parque de caravanas de Kansas, Hedwig decidió formar un grupo de rock. Así conoció a Tommy Gnosis, un joven que fue su amante y protegido antes de abandonarla, robarle sus canciones y triunfar como estrella del rock. Acompañada de su grupo paneslavo, “The Angry Inch”, siguió a Tommy en su gira, tocando en locales medio vacíos. Por medio de un collage de canciones, flashbacks e imágenes animadas, Hedwig cuenta la historia de su vida e intenta sacar partido de la prensa amarilla que se interesa por ella por haber sido amante del famoso cantante de rock Tommy Gnosis.

15 años después de la Segunda Guerra Mundial, un equipo de agentes secretos se reúne para rastrear a Adolf Eichmann, el infame arquitecto nazi del Holocausto, que había escapado de la justicia tras la guerra.