Megazone 23 se desarrolla en un futuro distante, a principios del siglo 24. En esta época, varios problemas ambientales hicieron que la Tierra fuera inhabitable. Los humanos empezaron a abandonar la tierra en gigantescas colonias espaciales llamadas Megazones. La animación se enfoca en los habitantes de la colonia Megazone 23 (de ahí el nombre)

Stoner es la ciudad de los Golems por excelencia, y es justamente allí donde van a parar Lina y Naga, buscando fortuna y algo de comer. Nada más llegar, salvan a una muchacha de un golem, con lo que consiguen una invitación a cenar por parte de la rescatada, que resulta ser la princesa mimada del pueblo. En la cena ambas hechiceras conocen a Garia, padre de la joven, que dedica su tiempo libre a la fabricación de golems al igual que su hijo Hyiu. Padre e hijo no se soportan y deciden enfrentarse en una pelea de golems y las modelos para sus dos recreaciones resultan ser Lina y Naga.

Hyoi y Ryoi, dos hermanos con el poder de tomar la forma de gatos, deben desentrañar el misterio de una plaga de demonios rastrera y tentificada antes de que los consuma a ellos y a sus compañeros de clase. En última instancia, deben confrontar a su antiguo maestro de Gato Oscuro Jukokubo, aunque si pueden poner fin al mal que ha liberado sigue siendo un misterio.