El comando G.I. Joe se enfrenta a un nuevo y maligno enemigo, una antigua sociedad llamada Cobra-La. Esta sociedad de personas serpientes intenta recobrar La Tierra, controlada por aquellos que los enviaron a vivir al subsuelo. El líder de Cobra-La. El líder de Cobra-La. Golobulus, ordena al comandante Cobra y a sus hombres robar un nuevo trasmisor de energía que el comando G.I. Joe ha diseñado. Los planes de Cobra-La son crear una nueva sociedad con nuevas formas orgánicas G.I. Joe tendrá que emplearse a fondo para detener este siniestro plan que destruiría a la sociedad actual.

El malvado Shredder tiene un único y perverso plan: acabar con los cuatro superhéroes Tortugas Ninja Mutantes, Raphael, Leonardo, Michelangelo y Donatello. Para ello, secuestra al profesor Jordan Perry, creador del "moco verde" que hace posible la mutación de las Tortugas. Poco después, Shredder aplica la preciada sustancia a dos criaturas que acaba de reclutar, convirtiéndolos en terribles e imponentes guerreros ninja que lucharán e intentarán terminar con los superhéroes. Sin embargo, éstos logran hacen frente al peligroso criminal, con la ayuda de su maestro Splinter, la elegante periodista April y el repartidor de pizzas Keno.