Il existe une légende urbaine selon laquelle il y aurait un shinigami qui peut libérer les gens de la souffrance qu'ils peuvent ressentir. Cet "Ange de la Mort" a un nom : Boogiepop. Et les légendes sont vraies. Boogiepop est réel. Quand une vague de disparitions impliquant des étudiantes éclate à l'académie de Shinyo, la police et l'établissement supposent qu'il s'agit juste d'une série de fugue. Mais Nagi Kirima, un étudiant de l'académie, le sait. Quelque chose de mystérieux et de mauvais est en train de se produire. Est-ce Boogiepop, ou quelque chose de plus sinistre ...?

L’établissement Fumizuki est une école très particulière qui répartit ses élèves en six classes en fonction de leur score lors d’un examen. Les lycéens ayant les meilleurs résultats iront dans la classe A où un confort maximal pour étudier est assuré tandis que ceux minimisant l’examen seront envoyés dans la classe F, la plus insalubre. Akihisa Yoshii bien qu’étant l’un des plus mauvais étudiants, espère réussir le devoir afin d’atteindre la plus haute classe possible. Cependant, lors de ce dernier, il perd du temps pour venir en aide à une de ses camarades de classe, nommée Himeji, qui finit par s’évanouir. De ce fait, Yoshii et elle se retrouvent ensemble dans la classe F. Devant l’état déplorable des conditions de travail, la classe F décide de former une rébellion à l’aide de l’ESB. Ce système propre à l'établissement permet aux élèves d’invoquer une miniaturisation d’eux-mêmes et d’affronter les classes supérieures pour échanger leur place. La force de leur invocation dépendant uniquement de leur dernier résultat aux examens, la classe F part avec un sérieux handicap dans cette bataille où tous les coups sont permis.

Free! nous entraîne dans la vie de quatre lycéens passionnés de natation et se connaissant depuis l'école primaire.