Gorath es un meteoro errante (6000 veces más grande que nuestro planeta) que viaja inexorablemente en curso de colisión contra la Tierra, absorbiendo todo lo que se le envía. Los cientificos tendrán que evitarlo, pero la cosa es difícil ya que la solución propuesta para escapar niega todas las posibilidades de la física al apartar nuestro planeta del camino de Gorath. Tras una cumbre de científicos internacional se propone el lanzamiento de unos proyectiles desde el Polo Sur. Pero el calor provoca el derretimiento de un casquete y la liberación de Maguma, una monstruosa morsa gigante.

Una misteriosa isla ha sido colonizada por una extraña organización terrorista de tintes comunistas llamada Red Bamboo, que ha esclavizado a la población indígena y que se dedica a la fabricación de bombas atómicas. En esta isla vive la langosta gigante Ebirah, que se encarga de devorar a todos aquellos que intentan escapar del lugar, hasta que un rayo despierta a Godzilla, dormido casualmente en el interior de una gruta de la isla.

En 1999, la UNSC (United Nations Scientific Council) ha reunido a todos los grandes monstruos en una zona de la isla de Ogasawara denominada Monsterland, con el objetivo de estudiarlos a fondo, controlándolos mediante un complejo campo electromagnético. Entre los monstruos kaijus se encuentran nada menos que: Godzilla, Mothra, Ghidorah, Rodan, Baragon, Varan, Kumonga, Manda, Minilla, Gorosaurus y Anguirus. Sin embargo los Kilaaks, una raza extraterrestre, pretende esclavizar la Tierra y boicotea los sistemas de comunicación de la isla y controla mentalmente a los monstruos, que se lanzan a una frenética carrera de destrucción por todo el mundo.

En una isla tropical, unos científicos dirigen experimentos meteorológicos y se encuentran con enormes mantis y una gigantesca araña que está atacando al hijo de Godzilla. El gran monstruo volverá para defender a su hijo...