Es el año 2034, han pasado dos años desde que Motoko Kusanagi dejó la Sección 9. Ahora, Togusa, como nuevo líder del equipo, ha considerado necesario el incremento de personal. Esta ampliada nueva Sección 9 se enfrentará a una serie de complicados incidentes, detrás de los cuales se encuentra un ultra-hacker conocido con el nombre de El Marionetista. Durante la investigación que lleva a cabo Batou, este se cruzará de nuevo con Motoko, que dejará un mensaje: "Manteneos alejados de la Solid State Society". Película especial que cierra el argumento de la serie “Stand Alone Complex”, estando considerada en algunos sitios como la tercera temporada no oficial.

La lluvia negra la constituyen las particulas radiactivas procedentes de la explosión de las bombas que Estados Unidos lanzó sobre Hiroshima y Nagasaki. Basada en una famosa novela de Masuji Ibuse sobre la devastación causada por la bomba atómica, "Lluvia negra" relata las consecuencias de la explosión atómica en Hiroshima. La película se centra en la historia de una joven, Yasuko, que se vio sorprendida por esta lluvia radioactiva que cayó en los alrededores de la tristemente célebre ciudad. Las posibles consecuencias de su contacto con la radiación han dado lugar a un sinfín de habladurías entre los pretendientes de la joven: ¿estará enferma?, ¿podrá tener hijos? Su familia rememora aquellos días aciagos, tratando de conjurar el peligro que la acecha.