Garo se déroule dans un lieu fictif appelé le Royaume de Valiante (inspiré de l'Espagne pendant l'Inquisition Espagnole). Après que le roi, sous l'influence de son conseiller, a lancé une chasse au sorcières qui mit en danger les Chevaliers Makai et Prêtresses Makai, des personnes chassant des Horreurs avec des pouvoirs surnaturels assimilés à de la magie, une Prêtresse Makai qui était condamnée à brûler sur le bûcher mit naissance à un fils dans les flammes. Herman Luis, un Chevalier Makai et le père de l'enfant, s'enfuit avec lui et l'entraîna pour qu'il devienne le Chevalier d'Or Garo. Plus tard, après avoir grandi, quand le roi tomba malade et que le trône fut usurpé par son conseiller. Le fils du roi, le Prince Alfonse et sa mère la reine demanderont assistance à Garo pour récupérer le trône

El camino de un samurái se cruza con el de una joven camarera cuya aldea fue destruida por un dragón. Él no quiere meterse en líos... pero el destino tiene otros planes.

L'histoire débute 4 ans après les événements de Garo -Honoo no Kokuin-. Alors qu'ils entraînent et préparent un futur Makai Knight, León et Alfonso sont convoqués par Garm, qui leur donne pour mission d'éliminer une redoutable Horror qui vole le visage de ses victimes. Dans le même temps, l'enfant dont s'occupaient les deux garçons, Roberto, est kidnappé. En tentant d'arrêter les responsables, León fait la connaissance de Dario, un Makai Knight disparu depuis des années.