À Kyoto durant l'été 1940 : Hanako Kiryuin est retrouvée morte dans le quartier chaud. C'est l'occasion pour sa sœur adoptive Matsue de se souvenir de sa jeunesse dangereuse passée dans l'ombre de leur père, Onimasa Kiruyin, fondateur d'un clan redouté issu de l'île de Shikoku et de son amour contrarié pour un syndicaliste. À travers elle, c'est aussi vingt années d'histoire du Japon (1918-1940) qui défilent en arrière-plan. Matsue est la fille adoptive de la maison Kiryuin, un clan yakuza qui règne sur la ville de Kochi. Elle grandit dans cette société de l'ombre, entre guerres des gangs et rivalités amoureuses dans le harem du chef. Avec les années et malgré les brimades, elle finit par aimer Onimasa, leur chef charismatique comme un vrai père et à l'admirer. Mais le comportement d'Onimasa commence à déplaire au grand parrain de Shikoku duquel il dépend.

Sucesos terribles están ocurriendo alrededor de la bahía de Tokio. Los detectives Kusumi y Hata están trabajando en el caso. Su investigación les revelará que los militares japoneses y americanos tienen un papel muy importante en este asunto. Por otra parte, Kusumi comienza a sospechar de la nueva novia de Hata, Saeko, una importante bióloga que puede estar implicada en el extraño caso. Sin embargo, ni uno ni otro están preparados para encontrarse con un monstruo hambriento que parece ser una poderosa arma biológica llamada WXIII: Wasted Thirteen. Es entonces cuando el gobierno decide poner en acción a los robots Patlabors de la Unidad Especial 2.