Maintenant diplômés, une bonne partie des membres du Genshiken ont laissé un vide derrière eux après leur départ que Ogiue, la nouvelle présidente du club, doit essayer de combler. Avec Ohno, Sue et Kuchiki, elle tente de trouver le meilleur moyen d'attirer du monde lors de la journée consacrée aux nouveaux étudiants. Grâce à ses talents de dessinatrice et au cosplay, trois nouvelles têtes rejoignent l'aventure dont Hato, un jeune garçon qui aime s'habiller en fille. Une nouvelle génération, plus féminine que jamais, se met ainsi en marche.

La planète Eltria se meurt. Un couple de chercheurs persiste cependant à y vivre en compagnie de leurs deux filles, Amitie et Kirie, convaincus qu'ils trouveront un remède pour sauver leur monde. Cependant, le père des deux jeunes filles finit par tomber malade, mettant ainsi fin à leur rêve. Kirie et son amie d’enfance se rendent alors dans un monde alternatif pour quérir de l’aide. Une fois parvenues au Japon, à notre époque, elles font une découverte qui pourrait garantir la sauvegarde d’Eltria.

Iris, qui a trahi Kyrie, contrôle à présent Yuri après l'avoir libérée du cristal qui l'emprisonnait. Les deux combattantes dominent largement le Bureau d'administration temporelle, mais les trois âmes-clés, Dearche, Stern et Levi ressentent une étrange connexion avec la jeune Yuri. Nanoha et elles vont tenter d'en découvrir plus afin de la libérer de l'emprise d'Iris, avec l'espoir également de raisonner cette dernière.

Han pasado seis meses desde los acontecimientos de la película anterior. El destino ha regresado a la ciudad de Uminari con Lindy como su tutor legal y está viviendo la vida de una niña normal de primaria junto con Nanoha y sus amigos. Sin embargo, la reunión entre los dos nuevos amigos se interrumpe cuando son atacados por cuatro antiguos usuarios de magia que se identifican como Wolkenritter. A medida que los motivos detrás de las acciones de Wolkenritter se vuelven claros, Nanoha y Fate se encuentran en una carrera contra el tiempo para detener la reactivación de un artefacto altamente peligroso conocido como El Libro de la Oscuridad.

Despues de 50 años reaparece la Isla Hourai, una legendaria isla donde convivian demonios y humanos en completa armonia. La Isla ahora tiene encerrados a un grupo de medio demonios que tienen que ofrecer sus vidas a los cuatro dioses que tambien estan encerrados en la isla, sin embargo una de ellos logra escapar encontrando a InuYasha y a sus amigos, pididiendole que rescate a sus hermanos. Sesshomaru tambien decide ir a enfrentarlos ya que al igual que InuYasha fueron marcados con la marca de los cuatro dioses hace 50 años, Sin embargo InuYasha y su grupo tendra una dura batalla al saber que no solo se enfrentara a los Cuatro Dioses sino tambien a un clon de Kikyou, que se formó de su sangre hace 50 años.