Miyuki et Natsumi sont de retour à Bokuto après un stage d'un an effectué dans d'autres services. Mais leur première journée n'est pas de tout repos : après avoir dû résoudre les problèmes liés à la panne subite et pour le moins étrange de plusieurs feux de signalisation, les voilà réquisitionnées pour participer à l'arrestation de trafiquants d'armes. Comme si cela ne suffisait pas, le chef se fait arrêter par le commissaire principal et des terroristes menacent de faire sauter les ponts qui enjambent la rivière Sumida...

Debido a que los Cybertrons (Autobots) se encontraban en desventaja contra los Destrons (Decepticons), empezaron a construir en una base secreta el la poderosa arma Scramble City, bajo la supervisión del comandante de la base, Ultra Magnus, con esta nueva arma, los Cybertrons podrán tomar la delantera, mientras Megatron ordena a Soundwave que envié a sus cassetes, para que averigüe que están escondiendo o construyendo los Cybertrons en esa base, Ravage, Lazerbeak y Ratbat, se dirigen a la zona, donde se confrontan con Blaster, quien logra detener a Ravage y Lazerbeak, pero Ratbat mientras logra meterse en la base y descubrir el plan de los Cybertrons. Soundwave reporta a Megatron, lo que sucede en la base, y envía a los Constructicons para que destruyan toda la base y el proyecto, Starscream, Skywarp y Thundercracker también se dirigen a la zona, Convoy (Optimus Prime)se da cuenta que los Destrons se dirigen hacia la base secreta...