Une légende raconte qu'à la nuit tombée, une prestigieuse école de Tokyo devient le royaume de fantômes et autres créatures invraisemblables, les "Midnighters". Lors d'une journée portes ouvertes, trois petites chipies qui n'ont peur de rien pénètrent dans l'ancienne salle des sciences condamnée pour travaux et y rencontrent Monsieur Kunstlijk, l'écorché d'anatomie de l'école, et son ami Goth le squelette. Pas effrayées pour deux sous, elles vont relooker M. Kunstlijk façon Picasso pendant son "sommeil". Après avoir vu le résultat le soir même, l'écorché les invite à l'école pour leur faire passer une nuit de terreur et envoie trois lapins frappadingues armés jusqu'aux dents pour les ramener! Et voilà les trois gamines entraînées dans une série d'aventures improbables, mais la bataille ne fait que commencer et n'est pas le plus monstrueux celui que l'on croit...

Takaki y Akari son dos compañeros de clase en la escuela primaria. Durante su tiempo juntos se volvieron amigos cercanos. Su relación es puesta a prueba cuando Akari se muda a otra ciudad debido al trabajo de sus padres. Ambos sufren dificultades para mantener su amistad viva, mientras el tiempo y la distancia lentamente los separa. Cuando Takaki se entera que se muda a un lugar más lejano, decide visitar a Akari por última vez.

Planeta Tierra: el futuro. Los únicos humanos que quedan son clones. Retro, un joven que, por alguna razón, tiene un televisor en lugar de cabeza y Pandy, una chica con una mancha de nacimiento sobre su ojo derecho, escapan de la policía. Capturados por las fuerzas del orden, son encarcelados en la colonia penitenciaria lunar llamada "Dead Leaves". Pronto se dan cuenta de que no están como para aguantar el régimen brutal de la prisión, así que comienzan a planear su huida, comenzando así una aventura violenta, caótica, esperpéntica y rocambolesca.