Rompiendo el concepto patriarcal de que un verdadero dúo criminal requiere un hombre, Bonnie y Bonnie muestra el desarrollo de la verdadera amistad entre dos mujeres fuertes e independientes, decididas a dejar su huella en el mundo.

Viena, 1937, en vísperas de la anexión de Austria a la Alemania nazi. El joven e inexperto Franz Huchel comienza a conocer tanto las alegrías como los reveses de la vida trabajando en un pequeño estanco como aprendiz de Otto Trsnjek, un veterano de guerra mutilado. Allí conoce al famoso psiquiatra Sigmund Freud, un cliente habitual, que se convertirá en un valioso amigo en tiempos de caos e incertidumbre.