En el mundo del futuro, un régimen estricto ha eliminado las guerras al haber superado las emociones. Los libros, el arte y la música están totalmente prohibidos, y los sentimientos se consideran un crimen castigado con la pena de muerte. El clérigo John Preston (Christian Bale) es un agente de élite del gobierno, responsable de combatir aquellos que osen desafiar las reglas. Cuando pierde una dosis de "Prozium", una droga que altera la mente para ocultar sus emociones, toda su escala de valores cambiará de manera súbita.

Un detective de la policía hace un trato con un informante para que lo maten en el cumplimiento de su deber. Él se está muriendo de cáncer y quiere que su familia se encargue de sus beneficios.

El gobierno no puede tocar a Michael Scofield, así que van tras la mujer que ama. Cuando Sara es arrestada por asesinato, sólo Michael podrá salvarla, a ella y al bebé que espera, de una impenetrable prisión para mujeres. Con un precio por la cabeza de Sara y el tiempo agotándose, Michael deberá confiar en sus más mortales enemigos para intentar realizar la huída más atrevida hasta la fecha.

Un mystérieux "maître du temps" revenu du futur fait appel à des super-héros et des méchants pour former une équipe d'élite qui protégera la planète contre un tyran.