Después de un ataque de un gigante alienígena gigante, los equipos Magiranger y Dekaranger se ven obligados a pagar un rescate por dos enemigos llamados Babon y el Agente X que mantienen cautivos a Magi Blue y Deka Yellow.

Tras los acontecimientos relatados en “Kenshin, el guerrero samurai”, Kenshin Himura vive retirado, fiel a su juramento de no volver a empuñar la espada; pero la aparición de un misterioso villano que amenaza con derrocar al gobierno hará que el protagonista replantee su postura. Rurôni Kenshin: Kyoto taika-hen es el primer segmento del espectacular díptico que concluirá las aventuras del guerrero.

El duelo entre Kenshin Himura y el maligno Shishio Makoto sigue sin resolverse. El conflicto entre los dos guerreros decidirá el destino de Japón, y pondrá un bombástico punto final a la memorable adaptación cinematográfica del manga de Nobuhiro Watsuki.