Un protagonista anónimo encuentra un diario en un hospital. El diario pertenece a su compañera de clase, una niña llamada Sakura Yamauchi, quien se revela que padece una enfermedad terminal en el páncreas y que solo le quedan unos pocos meses de vida. Sakura explica que la protagonista es la única persona aparte de su familia que conoce su condición. El protagonista promete mantener el secreto de Sakura. A pesar de sus personalidades completamente opuestas, la protagonista decide estar junto a Sakura durante sus últimos meses.

La teniente Motoko Kusanagi pertenece a la Seccion 9, un grupo de fuerzas especiales del gobierno. Esta vez su mision sera capturar a un Hacker bastante peligroso que se llama a si mismo el Marionetista. Pero las cosas se complican cuando se descubre que este Hacker es en realidad una Inteligencia Artificial que vive en la Red.

La bruja Bayonetta despertó despúes de 500 años sin recordar nada. Ahora, debe luchar contra una horda de ángeles para recuperar su pasado.

Ya pasó un año desde la creación de la nueva ACCA. Entre la gente hay muchos miedos, miedo a si podrá ser como antes, miedo a si los nuevos no lo harán bien..

Dans une lointaine galaxie vit la Princesse Minerva. Jeune fille dynamique et turbulente, elle préfère jouer les justicières masquée plutôt que de rester tranquillement au palais. Dans le but de constituer sa nouvelle garde personnelle, Minerva organise un jour un grand tournoi auquel elle compte bien participer secrètement, afin de juger la vraie valeur des guerriers. Mais un terrible complot se prépare...

En 2035, le Japon a connu un accident très grave nommé le "Burst". A cause des nombreuses recherches scientifiques du Japon, ils ont réussi à créer une forme de vie artificielle nommée "Matter". Cependant, cette forme de vie a envahi toute la région de Kurobe. Les scientifiques ayant survécu à ce désastre artificiel, se sont réunis dans une ville sous ordre du gouvernement pour trouver une solution. Deux années plus tard, Tachibana Aiko, une jeune lycéenne qui a perdu sa famille à cause de la catastrophe apprend quelque chose d'incroyable de la part de Kanzaki Yuya, un nouvel élève transféré le jour même. Un secret concernant la "Matter" est caché au plus profond de son corps. Ce secret peut soit sauver les humains ou les anéantir complètement...

Suit les aventures d'un héros tentant de libérer son vaisseau des envahisseurs de l'espace.