Après une apocalypse virale, le Japon perd son indépendance et est placé sous le régime du GHQ. Shu, lycéen, acquiert alors un pouvoir étrange et rejoint la résistance.

Universal Century 0001 : La colonisation spatiale commence et l'humanité entre dans une nouvelle ère. Lors de la cérémonie officielle présentée par le Premier Ministre de la Fédération sur la station orbitale Laplace inaugurant le passage au calendrier Universal Century, un mouvement terroriste sabote la structure de la colonie provoquant une explosion la détruisant. Syam est un jeune homme faisant partie de ce groupe revendiquant leurs conditions de vie déplorables que mènent les immigrants spatiaux. Alors que l'explosion l'expulse de leur vaisseau endommagé par l'attaque, il découvre dans les ruines de Laplace un étrange artefact nommé "Boîte Laplace". Cette fameuse boîte ne sera jamais ouverte, et son secret restera en sommeil avec Syam...

Basado en la novela del mismo nombre de Takafumi Takada, la historia está ambientada en el período Heian, Kioto, durante una época de intensos combates entre humanos y "Oni" (demonios). De alguna manera, un niño de 15 años que vive en la epoca actual viaja en el tiempo, 1.200 años atras y se encuentra inmerso en medio de esta batalla antigua.

En el día en que Touma Kamijou e Index ven el ascensor espacial de Ciudad Academia, Endymion en la distancia, se encuentran con una chica de nivel 0 con una increíble voz para cantar, Arisa Meigo. Mientras los tres disfrutan de su tiempo juntos después de la escuela, el mago Stiyl Magnus los ataca de repente. Su objetivo: Arisa. Touma se pregunta por qué una chica del lado de la ciencia sería el objetivo de alguien del lado mágico. En el caos del ataque de Stiyl, él le dice a Touma, Index y Arisa que ella podría causar una guerra entre el lado mágico y el lado científico.

L'histoire tourne autour de Raina Ryuto, un élève paresseux qui sommeille toujours à la Roland Imperial Special Academy. L'empire est en guerre contre le royaume d'Esutaburu, et notre héros et ses amis se retrouvent envoyés à la guerre où il perdra un grand nombre de ses amis.  Après la bataille, Raina est envoyé sur une quête par l'Empereur Roland Shion Asutaaru où il devra chercher les reliques d'un "héros légendaire", en dépit de l'obscurité qui a commencé à consumer l'empire.  Durant sa quête il découvrira qu'une malédiction mortelle se propage à travers le continent.