Suzume, una joven chica de 17 años que vive en un pueblo tranquilo en la región de Kyushu, en el suroeste de Japón. La historia comienza cuando Suzume conoce a un misterioso joven que busca una "puerta". Los dos viajan juntos y encuentran una puerta vieja en una casa abandonada en las montañas. Como si algo tirara de ella, Suzume extiende su mano hacia la puerta, lo que comienza una serie de eventos desafortunados en todo Japón.

Le jour de son 16è anniversaire, Kobeni Yonomori apprend qu'elle est fiancée à Hakuya Mitsumine, qui a le même âge qu'elle mais qu'elle ne connaît pas. Ce dernier emménage peu après chez elle avec sa petite soeur, Mashiro, encore élève en primaire. La grande soeur de Kobeni, Benio, complète cette "famille" qui va devoir apprendre à cohabiter.

Un jour, une ville est anéantie. Yuki est une jeune femme qui serait la seule survivante de cette fameuse ville après sa destruction et Takuya un homme solitaire. Ensemble, avec la lettre laissée par le père de Yuki, ils se mettent en route vers cette ville, maintenant appelée Lost, mais des obstacles inattendus se dressent sur leur chemin. Les pensées des défunts, des mystérieuses organisations secrètes et des conspirations les attendent alors qu'ils se rapprochent du mystère derrière Lost.