Lorsqu'un professeur d'université ouvre un parchemin interdit, il se retrouve possédé par les deux démons de THUNDER et de LIGHTNING qui cherchent à retourner dans notre monde pour réveiller leurs frères, les dragons. HELLBOY, la chercheuse KATE CORRIGAN et RUSSELL THORNE, une voyante albinos, se rendent au Japon pour enquêter. Hellboy trouve LE SABRE DES TEMPÊTES qui le transporte dans un monde de folklore japonais. Il apprend que l'épée est la seule arme capable de vaincre les démons mais conserve également la magie qui les ramènera sur Terre. Le professeur possédé envoie plusieurs créatures du mythe japonais pour récupérer l'épée. Tandis que Hellboy combat ces créations du folklore, la pyrogène, LIZ SHERMAN, et l'amphibien, ABE SAPIEN, combattent les monstres déchaînés dans le monde entier.